В середине III в. до н. э. в Средиземноморье столкнулись интересы двух держав — все еще могущественного Карфагена и набравшего силы Рима, подчинившего себе к тому времени всю Италию. Мальта, превращенная карфагенскими колонистами в важную морскую базу, откуда они вели боевые действия против римского флота, неоднократно переходила из рук в руки. На острове лилась кровь, население Мальты подвергалось грабежам и истреблению. В 257 г. до н. э. во время первой из войн между Карфагеном и Римом, получивших в истории название Пунических, римский консул и полководец Аттила Регул захватил остров, но не смог удержать его. Карфаген вернул себе власть над Мальтой, однако ненадолго: в 218 г. до н. э., в год начала II Пунической войны, Рим овладел архипелагом и прочно утвердился здесь, включив Мальту в одну из своих провинций — Сицилию.
Римляне превратили Мальту в центр по производству роскоши; здесь были развиты также текстильное производство и сельское хозяйство — выращивание пшеницы и сбор слив. Со времени римского владычества на архипелаге сохранилось множество построек той эпохи: виллы с мозаичными полами в районе Рабата, пригорода Мдины — древней столицы Мальты, а также бани, без которых римская знать не мыслила свой отдых.
Именно к римскому периоду в истории Мальты относится еще один памятник тех далеких времен — поражающие своими размерами катакомбы IV и V вв. н. э. Их появление связывают, с одной стороны, с традициями коллективных захоронений, распространенных на архипелаге с доисторических времен, с другой — с деятельностью первых христиан. Католическая церковь приписывает введение христианства на Мальте апостолу Павлу. Распространена легенда, согласно которой он потерпел здесь кораблекрушение и высадился вместе с другим ревностным распространителем христианства, св. Лукой, на крошечной скале, названной в его честь петровом св. Павла, в бухте под тем же названием. Обласканный населением, апостол Павел не замедлил совершить чудо и излечить отца правителя Мальты — Публиуса, который находился на смертном одре. Да и далее апостол времени зря не терял: за три месяца своего пребывания на острове он основал здесь христианскую общину, а Публиуса, властелина язычников, обратил в веру Христову и назначил первым епископом Мальты. Произошло это событие, согласно преданию, в 60 г.