Новую страницу в судьбе многострадальных мальтийцев открыло утверждение на Мальте военно-духовного рыцарского ордена иоаннитов. Одним росчерком пера император «Священной Римской империи» Карл V (испанский король Карл I с 1516 по 1556 г.) «подарил» о. Мальту и окружающие его территории ордену иоаннитов в обмен на право получать ежегодную дань в виде одного сокола, преподносимого в день всех святых его наместнику в Сицилии. Произошло это событие в 1530 г., и с тех пор орден иоаннитов стал называться Мальтийским. Однако возник он значительно раньше и в другой стране, а именно в Палестине в XII в. (1113 г.).
В 1020 г. купцы-христиане из Амалфи и Салерно с разрешения халифа Египта открыли в Иерусалиме госпиталь, посвященный Иоанну Крестителю. Долгие годы до начала крестовых походов христиане и мусульмане мирно уживались на земле Палестины, и основной задачей госпиталя было обеспечение паломников кровом и пищей. Однако с началом в 1096 г. походов крестоносцев возникает идея превращения госпиталя в военно-религиозный орден св. Иоанна. Отсюда берут начало два распространенных наряду с Мальтийским названия ордена — «иоаннитов» и «госпитальеров». Когда в 1187 г. Иерусалим был захвачен Салах-аддином, орден перебрался в д'Акр, но и там его пребывание было кратковременным. С переходом в 1291 г. д'Акра к мусульманам крестоносцы, а вместе с ними и орден иоаннитов полностью утратили свои владения на Востоке.
После небольшой остановки на Кипре, где рыцарей-монахов не очень тепло встретило население, они перекочевали на о. Родос, ставший их резиденцией почти на 200 лет. Поддерживаемый Ватиканом орден превращает Родос в форпост католической церкви и заслон на пути экспансионистских устремлений Оттоманской империи, нового могучего государства, возникшего в XV в. Неравная борьба огромного государства и небольшого количества вооруженных рыцарей закончилась выдворением последних с Родоса. Сулейман I Великолепный позволил 180 рыцарям во главе с их гроссмейстером покинуть остров и отправиться на поиски нового пристанища, каковое они и нашли на Мальте.
Своего высшего расцвета слава Мальтийского ордена достигла в правление великого магистра Жана де Ла-Валлетта (1557—1568 гг.), при котором Мальте пришлось выдержать осаду 40-тысячного турецкого войска, направленного сюда старинным врагом ордена — Сулейманом I. Вскоре после осады Ла-Валлетт основывает новый город, ставший столицей архипелага и получивший имя великого магистра, а также проводит крупные работы по обновлению и строительству фортификационных укреплений, вошедших впоследствии в английскую систему обороны.
9 июня 1798 г. французский флот во главе с Наполеоном, направлявшийся в Египет, зашел в форт Валлетты и потребовал сдачи острова. После капитуляции мальтийские рыцари навсегда покинули остров.
Между тем французский флот потерпел при Абукире жестокое поражение от британской короны, флотом которой командовал адмирал Нельсон. Это дало толчок массовому народному восстанию на островах Мальта и Гоцо. Восставшие захватили Гоцо и провозгласили там республику, а на о. Мальта французам удалось удержать лишь Валлетту.
Мальтийцы, понимая, что им самим вряд ли удастся полностью освободиться от захватчиков, призвали на помощь англичан.
В 1800 г. после капитуляции французов английские войска заняли Мальту и подняли над Валлеттой свой флаг. Так началась оккупация архипелага Великобританией, продолжавшаяся более полутора веков. Надо при этом заметить, что вопрос о том, кому должна принадлежать Мальта, еще долго служил предметом дипломатических дискуссий и ареной споров между европейскими государствами. На Мальту претендовали Франция, Англия, Королевство обеих Сицилии и Россия, которая поддерживала продолжающиеся притязания Мальтийского ордена на остров. У России с мальтийскими рыцарями были свои давние связи, установленные еще в начале XVIII в. при великом магистре Переллос-и-Роккафуле. Россия надеялась получить поддержку в борьбе против Турции, которая была давним противником ордена, однако этого не произошло из-за интриг Парижа и Рима.
Великая французская революция повергла в трепет многих монархов Европы. Поэтому, когда мальтийские рыцари после изгнания их Наполеоном обратились к российскому императору Павлу I с просьбой принять их под свое покровительство, тот охотно возглавил орден в надежде противопоставить его влиянию Наполеона — «рассадника гибельных идей». Павел I возложил на себя знаки нового сана: рыцарскую мантию, корону, меч и крест, а к его императорскому титулу велено было добавить «и Великий Магистр Ордена Святого Иоанна Иерусалимского». Резиденция ордена была перенесена в Санкт-Петербург, а в Кронштадте спешно оснащали флот для завоевания Мальты. Захват архипелага англичанами разрушил далеко идущие планы Павла I, а после его убийства в 1801 г. его сын Александр I снимает с себя звание великого магистра и отказывается от поддержки рыцарей. В 1817 г. следует «высочайшее указание» о том, что «орден в Российской империи более не существует», а в 1834 г. капитул ордена переносится в Рим, и пути России и Мальтийского ордена окончательно расходятся.