С моря все пять островов архипелага кажутся огромными оголенными глыбами известняка, на которых отсутствует какая бы то ни было растительность. Недаром существует версия, что само название Мальта в переводе с арабского означает «голая, непокрытая». Это впечатление в целом оправдывается, поскольку леса, некогда покрывавшие архипелаг, были вырублены. Теперь лишь изредка можно увидеть рощи пиний и жестколистных дубов. Вся пригодная для возделывания земля занята в настоящее время под сельскохозяйственные культуры. Часто встречаются посадки цитрусовых, инжира, маслин и рожкового дерева. Расположены они преимущественно вдоль полей для защиты почвы от эрозии.
Склоны гор обнажены, на них встречаются лишь низкие сухолюбивые кустарники и кустарнички. На Мальте растут многие виды растений, используемых в фармацевтической и парфюмерной промышленности: лавр, шалфей, некоторые виды ромашки, а также типичный представитель местной флоры — мальтийский гриб, который в средние века применяли в качестве кровоостанавливающего средства.