Фауна Мальтийского архипелага чрезвычайно бедна. Много лишь пернатых, среди которых особое место занимают перелетные птицы. Наряду с узким Гибралтарским проливом эта часть Средиземного моря служит своеобразным воздушным коридором, по которому они перебираются на зимовку в жаркие африканские страны. Однако если в Гибралтаре остановку делают преимущественно хищные птицы, то Мальту в качестве места отдыха облюбовали представители певчих птиц. К местным видам относятся славки, овсянки, пересмешники, щурки и некоторые другие.
В прибрежных водах обитают морские животные: тюлень-монах, который встречается в наши дни крайне редко и внесен в Красную книгу, а также дельфины, типичные для всего Средиземноморского бассейна.
У берегов Мальты морские воды изобилуют различными видами рыб и моллюсков. Наиболее характерен красный тунец, ловля которого осуществляется круглый год. Нерестилища тунца сконцентрированы относительно недалеко от архипелага, в треугольнике между Тунисом, Сардинией и Сицилией, куда в июне устремляются огромные косяки рыб. Зимой определенная их часть рассеивается вдоль европейского побережья Средиземного моря, что позволяет вести оживленный лов и в это время года.
Промысловое значение имеют сардина, скумбрия, макрель, кефаль, пеламида, лов которых ограничивается почти исключительно прибрежной полосой. Летом идет лов анчоуса, предпочитающего теплые, сравнительно малосоленые воды.